反渗透纯水系统如果按连续运行设计的，那么在实际运行中，也会有不同频率的启停。在膜系统停运时，要用其采出水或预处理合格的水进行低压冲洗，来替代膜元件中高浓度但含有阻垢剂的浓水，还应考虑不要因系统漏水而引入空气，因为如果部件失水和干燥，可能会发生不可逆的产水通量损失。

如果机器停机24小时，没有必要采取措施。但是如果停机时间超过上述规定，则应使用保护溶液储存系统或定期冲洗膜系统，减少因设备的启动而造成对设备的影响。