原水中有微生物，即藻类、芽孢、孢子等，反渗透设备消毒和保养不力导致微生物的污染，是膜元件使用中普遍存在的问题，因为膜元件耐余氯性差，在使用中没有正确投加氯等消毒剂，加上用户对微生物的重视不够，容易导致微生物的污染。

目前许多反渗透设备生产出的纯水微生物超标，就是消毒、保养不力造成的。

微生物污染的主要表现为：

1、出厂时，RO设备没有采用消毒液保养；

2、设备安装好后没有对整个管路和预处理设备消毒；

3、没有定期对预处理设备和反渗透设备消毒；

4、间断运行不采取消毒和保养措施；

5、保养液失效或浓度不够。

目前减少反渗透设备膜元件微生物污染的方法，主要靠预处理阶段减小可生化性有机物及杀菌。

常规的杀菌方法包括加氯或次氯酸盐、臭氧、紫外线杀菌器等。也可利用DBNPA或异噻磋啉酮等非氧化性杀菌剂，对反渗透系统进行冲击式杀菌。发生微生物污染后，要及时进行杀菌以及化学清洗，减少微生物大量繁殖。为减少微生物产生抗药性，要不定期改变杀菌剂种类以及杀菌方式。

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